在有两个孩子的情况下，离婚时的抚养权判决主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下是可能的判决结果及考虑因素：
双方协商一致
如果夫妻双方能够就孩子的抚养权问题协商一致，法院会尊重双方的意愿，按照双方的约定出具判决书。
协商不成
如果双方不能就孩子的抚养权协商一致，法院通常会判决一人抚养一个孩子。判决时会综合考虑以下因素：
孩子的年龄：两周岁以下的子女原则上判给女方抚养，除非女方存在不适合抚养孩子的情况；两周岁到十周岁之间的子女，法院会按照有利于子女成长的原则判决；十周岁以上的子女，法院会尊重孩子的真实意愿。
抚养能力：法院会考虑夫妻双方的抚养能力、经济能力等因素，判断哪一方更有利于孩子的成长。
孩子的性别、生活习惯等：这些因素也会被考虑在内，以确保孩子的最大利益。
其他特殊情况：例如，如果一方已经做了绝育手术或因其他原因丧失生育能力，或者孩子随其生活时间较长、改变生活环境对孩子健康成长明显不利，法院可能会优先考虑这一方的抚养权。
示例
假设有一对夫妻离婚，他们有两个孩子，一个五岁，一个十岁。双方都不能就抚养问题达成一致。在这种情况下，法院可能会判决：
爸爸抚养五岁的孩子，因为爸爸的经济条件更好，能提供更好的物质生活和教育环境，而五岁的孩子跟爸爸生活的时间更长，改变生活环境可能对他不利。
妈妈抚养十岁的孩子，因为十岁的孩子已经表达出更愿意跟妈妈生活的意愿，法院会尽量满足孩子的意愿。
建议
提前协商：如果可能，夫妻双方应尽量提前就孩子的抚养权问题进行协商，以减少诉讼的时间和精力消耗。
收集证据：在离婚诉讼中，双方应准备好相关证据，如经济状况、抚养能力、孩子的意愿等，以便在法庭上有力地陈述自己的立场。
寻求专业帮助：如果双方在抚养权问题上存在分歧，可以寻求专业律师的帮助，以获得更具体的法律建议和支持。
总之，法院在判决有两个孩子的离婚案件时，会综合考虑各种因素，以确保孩子的最大利益得到保障。
